Aucun signe ne laisse pour l’instant penser que les différents « mutants » du Covid, réputés plus contagieux voire plus dangereux, ne soient entrés au fenua. Mais les autorités ne peuvent pas en être sûres : l’Institut Louis Malardé est toujours en attente du matériel nécessaire pour détecter ces variants. Et ne peut qu’espérer une livraison « dans le meilleur des cas«  la semaine prochaine.

Une épidémie qui « pourrait reprendre » et une situation sanitaire « qui deviendrait beaucoup plus grave ». Voilà les inquiétudes exprimées, mardi encore, par Édouard Fritch quant à l’importation d’un variant du Covid en Polynésie. Un risque cité, le 14 janvier, parmi les raisons qui avaient convaincu les autorités de la nécessité prolonger le couvre-feu. Le président du Pays estimait alors que les « mutants » anglais, brésiliens, sud-africains, et depuis peu californiens (lire plus bas), « étaient peut-être déjà en Polynésie ». Deux semaines plus tard, le doute n’est pas levé. Et l’Institut Louis Malardé (ILM) qui, mi-janvier, « était en train de se donner les moyens » de détecter ces variants, est toujours dans l’attente de matériel nécessaire.

« On ne part pas de rien », rappelle le Dr Van Mai Cao-Lormeau, directrice du laboratoire de recherche sur les maladies infectieuses à transmission vectorielle. L’ILM avait déjà, avant la crise, les compétences pour séquencer le génome des virus et l’Institut Pasteur lui avait même fourni une partie des réactifs et des « séquences d’amorce » nécessaires pour travailler sur le Sars-Cov-2 il y a quelques mois. Des capacités qui doivent être complétées, pour ce qui est de ces nouveaux variants, de « kits de détection » qui permettent de faire la différence entre une souche classique du virus et une source mutante dès l’amplification de l’ARn du virus. Une prérequis nécessaire à l’identification exacte, par séquençage, de chaque variant.

Problème : ces kits de détection ont été commandés « il y a quelques jours » au moment où tous les pays du monde s’inquiétaient de la possibilité d’une introduction sur leur territoire. Les fournisseurs peinent visiblement à répondre à la demande et l’ILM « espère une livraison sous 10 jours » sans avoir de réelle visibilité sur le calendrier. « Dans les meilleurs des cas la semaine prochaine », explique la responsable.

Détecter, comment et pour quoi faire ?

Pas d’information, donc, sur la présence ou non de variants du Covid, même si la probabilité d’une importation « est moins élevée qu’ailleurs » reprend le Dr Van Mai Cao-Lormeau. D’abord parce que le protocole sanitaire polynésien impose un test négatif avant le départ et l’isolement des arrivants en cas – relativement rare – d’auto-prélèvement positif quatre jours après l’atterrissage au fenua. Aussi parce qu’aucun rebond suspect dans les courbes épidémiques ni de « symptomatologie très prononcée » n’ont été observés ces dernières semaines, comme le note la chercheuse. Elle estime tout de même qu’il est « important » de se doter des moyens de détection au plus vite.

Une fois les kits arrivés, l’Institut Malardé pourra réaliser la détection en interne, avec une possibilité de « vérification » auprès du centre national de référence. « Sur de petits volumes on pourra séquencer un variant précisément en 72 heures à partir du moment où on l’aura détecté », reprend la directrice de laboratoire. Impossible, en revanche, de lancer une vérification systématique des prélèvements positifs pour repérer un virus « mutant ». Pour lutter contre le risque d’importation, les quelques autoprélèvements d’arrivants confirmés positifs pourront être « screenés ». Mais la recherche du variant à l’intérieur du pays sera surtout « basée sur des investigations de clusters pour lesquels il y aurait des indications épidémiologiques ». En clair : la recherche se fera dans les foyers de contamination particulièrement vivaces ou ceux qui sont liés, de manière avérée, à un voyage extérieur.

Et si un variant était découvert ? Vu les chiffres de contamination observées au Royaume-Uni, en Afrique du Sud ou à Manaus, au Brésil, les autorités auraient de nouvelles raisons de s’inquiéter… Et donc d’appuyer – ou de prolonger – des mesures de restrictions sanitaires qui pèsent déjà depuis de longs mois sur la vie du fenua. Mais « tout dépendra du contexte de la détection », note la scientifique, citée en 2019 parmi les chercheurs les plus « cités » au monde sur les infections virales. « Si le variant a été détecté chez un voyageur qui n’a pas forcément été en contact étroit avec la population, l’impact ne sera pas le même que si on le détecte dans un foyer familial sans aucun contact à l’extérieur, sans pouvoir remonter les chaînes possibles de transmission », explique-t-elle.

Face aux variants, la méthode « tester – tracer – isoler », érigé en leitmotiv en début de crise mais qui n’a pas résisté, dans la pratique, au pic épidémique, pourrait donc être remise au goût du jour.